Dział botaniczny Mieścił się w 4 salach na I piętrze i w sieni na parterze. W skład jego wchodziły zakupione przez Dzieduszyckiego zbiory profesorów Uniwersytetu Lwowskiego Jacka Łobarzewskiego, Antoniego Rehmana, Mariana Raciborskidgo oraz uboższe kolekcje pozauniwersyteckich botaników lwowskich. Najbogatszy był zielnik Łobarzewskiego składający się z 70 fascykułów, zawierających ponad 2000 gatunków roślin w 10 tysiącach okazów. W trzech pokojach były rozwieszone w ramach za szkłem kolekcje flory krajowej (ok. 30 tysięcy okazów roślin), ułożone według systemu Endlichera. Każda rodzina była reprezentowana przez najbardziej charakterystyczne dla niej gatunki. W ostatnim pokoju były złożone zielniki. Znajdowało się tam również wiele okazów paleobotanicznych zebranych przez Zejsznera i Raciborskiego oraz flory górnokredowej z Potylicza, reprezentujących najważniejsze grupy flory kopalnej, a także zasuszone okazy i modele niektórych gatunków grzybów oraz zbiór porostów zebranych przez Władysława Boberskiego.