W roku 1798 rewolucyjna Francja nie była już sprzymierzeńcem Stanów Zjednoczonych, a jej okręty zaczęły polować na amerykańskie statki handlowe. To – wraz z tzw. Aferą XYZ, w którą zamieszani byli agenci francuskiego ministerstwa spraw zagranicznych oferujący, za ogromne łapówki, przywrócenie stosunków dyplomatycznych między obydwoma krajami – przyczyniło się do społecznego poparcia dla idei utworzenia US Navy i zebrania funduszy koniecznych na budowę pierwszych okrętów zdolnych do przeciwstawienia się francuskim atakom na żeglugę amerykańską. W chwili powstania United States Navy Bainbridge został przyjęty do korpusu oficerów marynarki w stopniu kapitana i mianowany dowódcą szkunera USS „Retaliation”. 20 listopada kpt. Bainbridge poddał bez oporu „Retaliation” zupełnie zaskoczony przez dwie fregaty francuskie, które wziął za okręty brytyjskie i zbliżył się do nich bez zachowania należytej ostrożności. „Retaliation” był pierwszym okrętem nowo narodzonej United States Navy, jaki wpadł w ręce nieprzyjaciela. Bainbridge nie został pociągnięty do odpowiedzialności.