W kwietniu 1952 został porucznikiem i zaczął przewodniczyć składom sędziowskim sądzącym schwytanych żołnierzy polskiego podziemia niepodległościowego i członków dawnej partyzantki antyhitlerowskiej. 20 listopada 1953 przestał pracować w Wojskowym Sądzie Rejonowym. Objął wówczas stanowisko kierownika gabinetu Katedry Nauk Wojskowo-Prawniczych Wojskowej Akademii Politycznej im. Feliksa Dzierżyńskiego w Warszawie kierowanej przez Juliana Polana-Haraschina.
Braki w wiedzy prawniczej próbował uzupełnić studiując na Wydziale Prawa Uniwersytetu Warszawskiego, gdzie po czterech latach nauki w 1955 ukończył studia prawnicze I stopnia.
Od 10 grudnia 1955 był instruktorem Wydziału Szkolenia Oddziału I Organizacji i Planowania Zarządu Sądownictwa Wojskowego. W 1956 w wieku 27 lat awansował do stopnia kapitana, aby rok później dobrowolnie odejść z wojska. Według innych danych 26 lipca 1957 kapitan Stefan Michnik został przeniesiony do rezerwy ze względu na opisanie jego działań w raporcie komisji Mazura. Przez kilka miesięcy w latach 1957–1958 był adwokatem w Warszawie. Następnie w latach 1958–1968 redaktorem w Wydawnictwie Ministerstwa Obrony Narodowej.