W dniu 25 lutego 2010 Wojskowy Sąd Garnizonowy w Warszawie na wniosek pionu śledczego IPN wydał nakaz aresztowania, na podstawie którego w październiku wydany został europejski nakaz aresztowania.
18 listopada 2010 sąd w Uppsali odmówił wydania Stefana Michnika do Polski tłumacząc, że czyny które mają mu być zarzucone w Polsce, a umieszczone w europejskim nakazie aresztowania, w świetle prawa obowiązującego w Szwecji uległy przedawnieniu.
8 listopada 2018 Wojskowy Sąd Garnizonowy w Warszawie wydał po raz drugi europejski nakaz aresztowania w związku z 30 przestępstwami, które Stefan Michnik w latach 1952–1953 popełnił wobec m.in. przedstawicieli opozycji demokratycznej i Polskiego Państwa Podziemnego. Chodzi m.in. o wydawanie bezprawnych wyroków śmierci.
Po 2015 deklarował się jako przeciwnik rządów Prawa i Sprawiedliwości oraz zwolennik m.in. Komitetu Obrony Demokracji.
W ostatnich latach życia mieszkał w domu opieki o profilu judaistycznym w Göteborgu.