Dwa instytuty powstały przed wyodrębnieniem się Wydziału i od początku działały w jego obrębie: powstały w 1913 Instytut Botaniczny (w 1970 przemianowany na Instytut Botaniki) oraz powstały w 1918 Instytut Geografii (w 2000 przemianowany na Instytut Geografii i Gospodarki Przestrzennej). W 1963 powstał Instytut Zoologii. W 1970 wyodrębnił się Instytut Biologii Molekularnej (od 1985 – im. Jana Zurzyckiego), zaś w 1972 – Instytut Nauk Geologicznych. Jako ostatni został powołany do istnienia w 1977 Instytut Biologii Środowiskowej (od 1999 – Instytut Nauk o Środowisku). W 2002 usamodzielnił się Instytut Biologii Molekularnej im. J. Zurzyckiego i przekształcił się w osobny Wydział Biotechnologii UJ (w 2006 zmienił nazwę na Wydział Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii UJ). W marcu 2017 r. instytuty kształcące w zakresie geografii i geologii wydzieliły się tworząc nowy Wydział Geografii i Geologii Uniwersytetu Jagiellońskiego. W związku z tym 1 stycznia 2018 r. nazwa wydziału została zmieniona z Wydziału Biologii i Nauk o Ziemi UJ na Wydział Biologii UJ.