Dzięki zawartemu porozumieniu, w ciągu dwóch tygodni począwszy od 12 kwietnia 1948 roku, ewakuowano z osady Tel Or większość żydowskich kobiet i dzieci. Gdy 15 maja 1948 roku rozpoczęła się I wojna izraelsko-arabska, jordański Legion Arabski przedstawił ultimatum żądając od żydowskich mieszkańców kapitulacji lub opuszczenia terytorium Transjordanii. Większość Żydów wraz z całym uzbrojeniem wyjechała wówczas do nowo powstałego państwa Izrael. Natomiast Naharajim zajęli żołnierze iraccy. Wzięli oni do niewoli pozostałych 30 żydowskich pracowników – dwie kobiety uwolniono 6 czerwca, a pozostali wyszli na wolność po upływie 9 miesięcy. Arabscy żołnierze zatrzymali działalność elektrowni, a większość urządzeń i majątku została splądrowana. W sąsiedztwie zakładu doszło do bitwy o kibuc Geszer (15-17 maja 1948 r.), który pomimo zaciętych ataków zdołał się obronić i utrzymał swoje pozycje na granicy. W ten sposób, po 15 latach eksploatacji, elektrownia wodna w Naharajim zakończyła swoją działalność.