W okresie objęcia przez niego urzędu duchowni gruzińscy, wspierani przez narodowych demokratów, podjęli na nowo starania o likwidację Egzarchatu i przywrócenie autokefalii Gruzińskiego Kościoła Prawosławnego. W 1906 delegaci gruzińscy przedstawili swoje argumenty na Zebraniu Przedsoborowym, przywołując wielowiekowe tradycje wschodniego chrześcijaństwa w Gruzji. Wskazywali również, iż kierowanie strukturami Kościoła w Gruzji przez egzarchów narodowości rosyjskiej, niewładających językiem gruzińskim i nieznających miejscowej kultury negatywnie wpływa na religijność GruzinówW. Materski: Gruzja. Warszawa: Trio, 2000, s. 44. .. Arcybiskup Nikon reprezentował w tej kwestii stanowisko umiarkowane, uznając za wskazane nadanie szerokiej autonomii eparchiom zamieszkiwanym w przeważającej większości przez Gruzinów, przy włączeniu do Kościoła Rosyjskiego eparchii, w których znaczną grupę stanowili Rosjanie. Autokefalii według postulatów Gruzinów sprzeciwiał się. Na jego wniosek Świątobliwy Synod Rządzący wsparł kwotą 30 tys. rubli remont soboru w Mcchecie. Zainicjował również przegląd i korektę ksiąg liturgicznych w języku gruzińskim. Zyskał opinię znakomitego organizatora i administratora.