W dniu 1 listopada 1755 roku ogromne trzęsienie ziemi o sile około 9 stopni w skali Richtera zniszczyło większość kompleksu. Znajdująca się w nim biblioteka wraz z 5000 woluminów zostały bezpowrotnie utracone. Po katastrofie został przebudowany i ostatecznie stał się siedzibą wojsk. Niektóre prace remontowe klasztoru przeprowadzono w 1785 roku, prace zostały zawieszone w 1834Jose Morais Arnaud, pp. 13-21. Kościół natomiast nigdy nie został w pełni odbudowany, a tym bardziej odrestaurowany.
Nie istnieje wiele informacji mówiących o działalności zakonu karmelitów w okresie gotyku. Wiadomo, że znajdowała się w nim grupa obiektów usługowo-rzemieślniczych. Wybudowano tymczasowe pomieszczenia by pomieścić osiadających w zakonie braci. Istnieje informacja mówiąca, że zakrystia była jedynym obszarem zbudowanym w całości w okresie gotyku.
W 1864 roku, po wielu sporach, Stowarzyszenie Portugalskich Archeologów zmieniło zrujnowany budynek w muzeum. W XX wieku, w czasie trwania rewolucji goździków, klasztor był ostatnim bastionem prezydenta tzw. Nowego Państwa, Marcela Caetano oraz jego podwładnych.