Sezon 2013/2014 22 czerwca 2013 Chelsea ogłosiła, że zawodnik pozostanie na wypożyczeniu do końca sezonu 2013/2014. Courtois znowu zagrał przeciwko Chelsea w półfinałowym dwumeczu Ligi Mistrzów. Na Estadio Vincente Calderón padł wynik 0:0, a w Londynie lepsi okazali się podopieczni Diego Simeone wygrywając 3:1. 17 maja 2014 po remisie 1:1 z FC Barceloną Atletico zdobyło tytuł mistrza Hiszpanii po raz pierwszy od 1996 roku. Tydzień później bramkarz wystąpił w przegranym 1:4 finale Ligi Mistrzów przeciwko KrólewskimPuchar Europy dla Realu!. Courtois został wyróżniony indywidualnie: otrzymał Trofeo Zamora (najniższa średnia straconych goli)Palmares Trofeo Zamora., a także został najlepszym bramkarzem Primera División w sezonie 2013/2014.
Powrót do Chelsea 24 czerwca 2014 selekcjoner reprezentacji Belgii stwierdził, że to Courtois po powrocie do Chelsea stanie między słupkami tej drużyny. Courtois dostał numer 13, który nosił Victor Moses. 18 sierpnia 2014 zadebiutował w barwach The Blues w meczu z Burnley. 11 września 2014 podpisał nowy pięcioletni kontrakt z klubem. 1 marca z drużyną Chelsea zdobył Puchar Ligi Angielskiej. 3 maja wraz z klubem zdobył mistrzostwo Anglii i został jedynym Belgijskim zawodnikiem, który uczynił to w trzech różnych ligach.