Groźba izraelskiego odwetu wywołała zaniepokojenie libańskiego rządu, który skierował na południe Libanu armię. Doszło wówczas do krwawych walk palestyńsko-libańskich i poważnego kryzysu politycznego. W październiku 1969 doszło w Kairze do zawarcia tajnego porozumienia pomiędzy rządem Libanu i przedstawicielami Organizacji Wyzwolenia Palestyny. Palestyńczycy uznali zwierzchność rządu libańskiego nad „Fatahlandem”, w zamian otrzymali zgodę na swobodne działania swoich sił na południu Libanu. W ten sposób rząd libański zezwolił na wykorzystanie swojego terytorium do prowadzenia działalności terrorystycznej przeciwko Izraelowi.
W Libanie nastąpiła jednak wyraźna polaryzacja społeczeństwa na dwie grupy: muzułmańską i chrześcijańską. Stało się to zarzewiem przyszłej wojny domowej, ponieważ rządzące w Libanie elity chrześcijańskie nie przyznały Palestyńczykom praw obywatelskich.