W 1998 roku rząd Syrii pod naciskami Turcji i Stanów Zjednoczonych wydalił go z krajuTerroryzm s. 57.. Polityk, poszukując azylu, udał się do Europy. 16 stycznia 1999 roku w Rzymie został na krótko aresztowany przez włoskie służby. Nie został wydany Turcji. W poszukiwaniu azylu odwiedził Grecję, Holandię i Rosję. W lutym tego samego roku trafił do Kenii. Tam 16 lutego został ujęty przez turecki oddział specjalny. Aresztowanie przywódcy wywołało falę protestów pośród Kurdów na całym świecieTerroryzm s. 58.. Zwolennicy Öcalana oskarżyli Stany Zjednoczone i Izrael o udział w jego schwytaniu. Turecki sąd skazał go na karę śmierci. W 2002 roku wyrok zmieniono na karę dożywotniego pozbawienia wolności.
Obecnie (2019) odbywa karę w więzieniu na wyspie İmralı na morzu Marmara. Podczas pobytu w więzieniu złagodził rewolucyjną retorykę. Zza krat wielokrotnie wzywał do zawieszenia broni i zatrzymania przemocy. Opracował również specyficzną ideologię znaną jako demokratyczny konfederalizm, w tym jineologię.