W 2008 został w pierwszej instancji skazany na karę roku pozbawienia wolności z warunkowym zawieszeniem jej wykonania na okres trzech lat próby za naruszenie nietykalności cielesnej funkcjonariuszy policji w czasie blokowania eksmisji. Podczas trwania tego procesu, ze względu na niestawiennictwo na rozprawach, został za nim wydany list gończy, na podstawie którego w 2006 został tymczasowo aresztowany. Również w 2008 został skazany na karę 6 miesięcy ograniczenia wolności polegającej na wykonywaniu pracy społecznie użytecznej za naruszenie nietykalności cielesnej właściciela lokalu podczas blokowania eksmisji lokatorów. Piotr Ikonowicz nie odwołał się od wyroku sądu I instancji, a po jego uprawomocnieniu się odmówił wykonania orzeczonej kary, wobec czego sąd orzekł jej zamianę na karę zastępczą 90 dni pozbawienia wolności. W październiku 2013 kilku opozycjonistów z okresu PRL zaapelowało o jego ułaskawienie, w tym samym miesiącu został doprowadzony przez policję do odbycia kary.