Już po jego śmierci ukazała się Księga pamiątkowa ku czci Konstantego Grzybowskiego (1971).

15 stycznia 1955 na wniosek Ministra Szkolnictwa Wyższego został odznaczony Medalem 10-lecia Polski Ludowej str. 1617 - Uchwała Rady Państwa z dnia 15 stycznia 1955 r. Nr 0/165 - na wniosek Ministra Szkolnictwa Wyższego..

Zmarł tragicznie 19 czerwca 1970, w wyniku potrącenia przez samochód na ulicy Karmelickiej w Krakowie, pochowany na cmentarzu Rakowickim (grób – kwatera BA rząd 7 miejsce 4).

Archiwum osobiste Konstantego Grzybowskiego zostało przekazane do Archiwum Nauki PAN i PAU w Krakowie.

Życie prywatne W 1927 zawarł związek małżeński z Krystyną, córką swojego nauczyciela Stanisława Estreichera, pisarką, autorką książek dla młodzieży oraz Kroniki rodzinnej poświęconej Estreicherom. Ich córka Teresa wyszła za mąż za Macieja Słomczyńskiego, tłumacza literatury angielskiej, autora książek sensacyjnych (znanego jako „Joe Alex”).

Syn Stanisław Grzybowski (1930–2022) był historykiem XVI i XVII wieku, profesorem zwyczajnym na Uniwersytecie Pedagogicznym w Krakowie.