Trudniej działający mechanizm spustowy (wada spowodowana koniecznością połączenia języka spustowego z resztą mechanizmu za pomocą szyny spustowej w postaci długiego pręta), Skomplikowana lub utrudniona wymiana magazynka, szczególnie w pozycji leżącej (według zwolenników układu bullpup – dużo łatwiejsza w porównaniu do układu tradycyjnego w przypadku podróżowania w pojeździe), Linia celownicza umieszczona wysoko nad lufą, a w konsekwencji zmuszanie strzelca do znacznego podnoszenia się ponad ewentualną osłonę (problem występuje czasem w układzie tradycyjnym) Zmniejszony zasięg ciosu w przypadku walki na bagnety (problem praktycznie nieistotny w przypadku współczesnego pola walki), Odczuwanie przez strzelca wystrzału (gniazdo wylotowe łusek blisko twarzy), Ponadto typowe dla klasycznego układu jest wyrzucanie łusek na bok. W przypadku bullpupów powodowałoby to konieczność strzelania z jednej, odgórnie określonej strony ciała (odstępstwo powodowałoby, iż wyrzucane łuski trafiałyby strzelca w twarz).