Przed 1647 istniały już pierwsze drewniane kaplice, stopniowo wznoszono murowane. Na kapitule prowincjalnej, która miała miejsce w Brzezinach koło Łodzi, reformaci podjęli się pełnej opieki nad kalwarią 13 października 1646. Działalność braci mniejszych spotykała się z oporami ze strony kleru diecezjalnego, który nieprzychylnie patrzył na dalszą rozbudowę i związaną z nim zbiórkę datków wśród okolicznej ludności i biorących udział w nabożeństwach pątników. W 1661 proboszcz pakoski Sebastian Dulski, zachęcony przez innych proboszczów, wniósł do trybunału diecezjalnego sprawę o pozbawienie reformatów prawa do zarządzania kalwarią. Pomimo tych trudności budowano kolejne kaplice. Dwie z nich konsekrowano jako kościoły: Kaplica Ukrzyżowania, konsekrowana 14 września 1691 przez sufragana gnieźnieńskiego bpa Wojciecha Stanowskiego oraz Kaplica Kajfasza (Więzienie), konsekrowana 4 czerwca 1797 przez Michała Kościerza Kosmowskiego.