Została zamordowana zastrzykiem fenolu 14 października 1942. Jej zwłoki wydano bratu, który pochował ją w grobowcu rodzinnym na Cmentarzu Salwatorskim (sektor SC10, rząd A, nr grobu 1).
Odznaczona pośmiertnie Orderem Virtuti MilitariTeodor Gąsiorowski, Machay – Mika Józefa (1897 – 1942), [w:] Małopolski Słownik Biograficzny Uczestników Działań Niepodległościowych 1939 – 1956, tom 4, Kraków 1999, s. 114–115..
mały|Grób Józefy Mikowej na cmentarzu Salwatorskim w Krakowie thumb|Poczet sztandarowy Szkoły im. Józefiny i Emila Mików w Lipnicy Wielkiej przy grobie Józefy Mikowej podczas uroczystości w 80. rocznicę jej śmierci, 14 października 2022
Upamiętnienie
24 kwietnia 1988 r. w Lipnicy Wielkiej, z inicjatywy Leona Rydla, na ścianie szkoły (dawniej Domu Ludowego Towarzystwa Szkoły Ludowej) odsłonięta została tablica upamiętniająca Józefę Machay-Mikową i jej męża Emila Mikę.
Od 17 czerwca 2002 imię Józefy i Emila Mików nosi Szkoła Podstawowa nr 2 w Lipnicy Wielkiej. W latach 2014–2019 Józefa Machay-Mikowa była patronem gimnazjum w Zespole Szkół w Zubrzycy DolnejPiotr Dura, Święto edukacji w Zubrzycy Dolnej, Goral.info.pl-dwutygodnik, 11 września 2014, nr 43, s. 9. Uchwała nr XIV/106/2019 w sprawie: stwierdzenia zakończenia działalności dotychczasowego Gimnazjum im.