Wkrótce po wysłaniu listu patriarcha został aresztowany przez Czeka. 10 marca 1924 w klubie im. Plechanowa w Tbilisi rozpoczął się jego pokazowy proces; na ławie oskarżonych zasiadło również dziewięciu członków rady Gruzińskiego Kościoła Prawosławnego. Postawiono im zarzut nielegalnej korespondencji z konferencją genueńską, ukrywanie kosztowności cerkiewnych przeznaczonych do konfiskaty, nieprawidłowe prowadzenie dokumentacji majątku Kościoła oraz niezgłoszenie się jego przedstawiciela w momencie konfiskaty budynku cerkwi wojskowej w Tbilisi na rzecz radzieckiej organizacji młodzieżowej. Twierdzono również, iż patriarcha działał na rzecz zachodniej interwencji militarnej w Gruzji. Katolikos Ambroży nie przyznał się do winy. W swoim wystąpieniu przed sądem stwierdził, iż religia jest duchową potrzebą narodu i będzie rosła w siłę w miarę prześladowań. Kończąc mowę, stwierdził:
19 marca 1924 skazany na siedem lat, dziewięć miesięcy i 23 dni więzienia oraz konfiskatę mienia.