Działalność naukowa Zainteresowania naukowe Gubrynowicza obejmowały historię literatury polskiego oświecenia i romantyzmu. Opracował monografie pisarzy polskich, przygotował obszerne zestawienie bibliograficzne polskiej powieści końca XVIII wieku (1764-1795), ze szczególnym uwzględnieniem życia i dorobku najwybitniejszych twórców. Przygotował do wydania nieznany wcześniej Album Piotra Moszyńskiego (1898), zawierający pierwsze redakcje sonetów Mickiewicza. Wspólnie z Wiktorem Hahnem opracował pierwsze krytyczne wydanie Dzieł Słowackiego (1909, 10 tomów), wydał również Mazepę tego autora. Ponadto przygotował edycję powieści Mikołaja Doświadczyńskiego przypadki Krasickiego (1921). Jego praca naukowa w dużym stopniu opierała się na gromadzonej przez całe życie bibliotece, która w chwili śmierci liczyła około 3500-4000 tytułów. Przez wiele lat wchodził w skład komitetu redakcyjnego oraz redagował „Pamiętnik Literacki” (m.in. z Wilhelmem Bruchnalskim), w 1933 zainicjował wydawanie „Biblioteki Pamiętnika Literackiego”. W 1926 założył i redagował w kolejnych latach pismo „Ruch Literacki”. Do studentów Gubrynowicza należeli m.in. Konrad Górski, Bogdan Suchodolski, Stanisław Łempicki, Tadeusz Makowiecki. W jego bibliografii wyliczono 499 pozycji.