Siedziba egzarchów mieściła się w Tyflisie.
Zwalczaniu gruzińskiej tradycji liturgicznej i poczucia odrębności towarzyszyły przy organizacji Egzarchatu represje ze strony wojska i administracji rosyjskiej. W 1820, z powodu sprzeciwu wobec rusyfikacji gruzińskiego prawosławia aresztowani zostali arcybiskupi Gelati i Kutaisi. Kierujący dotąd eparchią Kutaisi arcybiskup Dosyteusz zmarł wskutek pobicia przez carski oddział kozackiD. M. Lang, A Modern History of Soviet Georgia, Grove Press, New York 1962, s.56.
Od początku XX wieku, w miarę rozwoju gruzińskiego ruchu narodowego, coraz silniej artykułowany był postulat przywrócenia autokefalii Kościoła gruzińskiego. W 1905 Świątobliwy Synod Rządzący stanowczo odrzucił te żądaniaW. Materski: Gruzja. Warszawa: TRIO, 2000, s. 44. ..
W 1917 sobór duchowieństwa i świeckich Gruzji ogłosił jednostronnie przywrócenie autokefalii Gruzińskiego Kościoła Prawosławnego, co nie zostało uznane przez inne Kościoły prawosławne jako akt kanoniczny. Wybrany na zwierzchnika Kościoła Kirion (Sadzagliszwili) przyjął restytuowany tytuł Katolikosa-PatriarchyM. Ławreszuk: Prawosławie wobec tendencji nacjonalistycznych i etnofiletystycznych. Warszawa: Semper, 2009, s. 262-263. .