W 1794 Warłaam (Eristawi) wyjechał do Rosji i zamieszkał w Petersburgu, w Ławrze św. Aleksandra Newskiego. Od 1801 był członkiem Świątobliwego Synodu Rządzącego Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego i osobistym doradcą metropolity petersburskiego Ambrożego. Nauczył się języka rosyjskiego, działał równocześnie na rzecz drukowania ksiąg w języku gruzińskim. Wydał m.in. prace patriarchy Antoniego I oraz napisaną przez siebie gramatykę języka gruzińskiego.
W 1808 biskup Warłaam wyjechał do Gruzji razem z głównodowodzącym wojskami rosyjskimi w Gruzji gen. Aleksandrem Tormasowem. On też zasugerował oberprokuratorowi Synodu likwidację autokefalii Kościoła gruzińskiego i powołanie zależnej do Synodu struktury z dotychczasowym Katolikosem-Patriarchą Antonim II na czele oraz Warłaamem (Eristawim) jako jego zastępcą. W 1811 Synod zlikwidował autokefalię Gruzińskiego Kościoła Prawosławnego, tworząc Egzarchat Gruziński, którego podział administracyjny opracowany został na podstawie sugestii biskupa Warłaama. Został on również mianowany pierwszym egzarchą z tytułem metropolity mccheckiego i kartlińskiego.