Kiedy George Washington został wybrany prezydentem, poprosił Stodderta o wykupienie określonych działek ziemi w miejscu, gdzie miała powstać stolica USA, aby wyprzedzić spodziewany wzrost cen po oficjalnym ogłoszeniu decyzji o rozpoczęciu budowy miasta nad brzegami rzeki Potomak. Stoddert uczynił to i w odpowiednim czasie przekazał zakupione działki rządowi. W latach 90. XVIII wieku pomógł również w utworzeniu Banku Columbia, który zajął się wykupywaniem ziemi w Dystrykcie Columbia w imieniu rządu federalnego.
Sekretarz marynarki W maju 1798 roku prezydent John Adams powołał Stodderta, lojalnego federalistę, do kierowania nowo utworzonym departamentem marynarkiJohn T. Scharf: History of Maryland: From the Earliest Period to the Present Day, Baltimore 1879, John B. Piet, t.II, s.437.. Jako pierwszy sekretarz marynarki Stoddert wkrótce stanął wobec niewypowiedzianej wojny z Francją, którą nazwano quasi-wojną. Stoddert orientował się, że właśnie powstała US Navy ma zbyt mało okrętów, by ochraniać szeroko rozproszoną flotę handlową w konwojach, czy też skutecznie patrolować wybrzeża północnoamerykańskie. W tej sytuacji uznał, że najlepszą obroną przed Francuzami będzie podjęcie ofensywnych operacji w Indiach Zachodnich, gdzie bazowała większość francuskich okrętów.