Zmarła we wrześniu 1921 roku w następstwie zapalenia otrzewnej, spowodowanego przebiciem pęcherza moczowego. Śmierć Virginii Rappe nastąpiła cztery dni po libacji alkoholowej w hotelowym pokoju aktora Roscoe Arbuckle’a i stała się przyczyną trzech głośnych procesów sądowych, w których aktora oskarżono o gwałt i doprowadzenie ofiary do śmierci. Pomimo uniewinnienia Arbuckle’a, jego filmy przestały być wyświetlane, a on sam do końca życia spotykał się z wrogością opinii publicznej, kwestionującej wyroki sądowe. Za sprawą śmierci aktorki filmy z jej udziałem były wyświetlane w wielu amerykańskich kinach, a ją samą reklamowano jako gwiazdę, jednak 17 września 1921 r. decyzją Motion Picture Association of America zakazano ich wyświetlania uznając za nieetyczne wykorzystywanie śmierci w celach zarobkowych.

Została pochowana na cmentarzu Hollywood Forever Cemetery, obok niej pochowano Henry’ego Lehrmana.

Filmografia 1916 – The Foolish Virgin (Głupie dziewice) 1917 - Jego noc poślubna 1917 – Paradise Garden (Rajski ogród) – jako Marcia Van Wyck 1919 – His Musical Sneeze 1920 – A Twilight Baby