Powinno nie być w wodzie amoniaku i azotynów, a niewielkie ich ilości wytwarzane przez źródełko powinien usunąć wcześniej zainstalowany inny filtr biologiczny.
Nie jest to warunek konieczny, ale ułatwia uruchomienie ponieważ: Wydajność musi być dostosowana do warunków panujących w akwarium. Zwiększona zawartość azotanów ułatwia rozruch denitryfikatora, a prawidłowo działający cykl azotowy złagodzi błędy zbyt dużego lub małego przepływu.
Uruchomienie Etapy: Po zalaniu wodą z akwarium i dodaniu kilku kryształków cukru zamykamy na 2–3 dni przepływ wody. Otwieramy możliwie mały przepływ wody (kilka kropel na minutę, czyli około 5 ml/h) i co 2–3 dni mierzymy zawartość azotanów w kapiącej wodzie. Gdy zawartość spadnie do zera, zwiększamy przepływ (maksymalnie dwukrotnie). Przy następnych pomiarach azotanów nie powinno być. Po każdym stopniowo zwiększamy przepływ Jeżeli po zwiększeniu przepływu w kapiącej wodzie pojawią się azotany, wracamy do poprzedniego przepływu (dla przedstawionego filtra rurowego było to zmniejszenie z 20 do 10 ml/min).