W tym samym wydawnictwie, pod jego redakcją ukazało się sześć zeszytów z utworami Mariana Sawy. Ponadto zebrał i przygotował do druku 12-tomową antologię – Arcydzieła muzyki organowej, będącą swoistym zbiorem renesansowej i barokowej muzyki organowej z różnych ośrodków Europy.
Wielu współczesnych kompozytorów pisało dla niego swoje utwory m.in.: Paul Ayres, Miłosz Bembinow, Carson Cooman, Krzesimir Dębski, Alicja Gronau-Osińska, Paweł Łukaszewski, Thierry Pallesco, Dariusz Przybylski, Weronika Ratusińska, Marian Sawa, Piotr Tabakiernik, Piotr Wróbel oraz Ignacy Zalewski. Marian Sawa dedykował mu osiem z jedenastu skomponowanych dla niego utworów.
Jan Bokszczanin jest także organizatorem życia muzycznego - dyrektorem artystycznym Legionowskiego Festiwalu Muzyki Kameralnej i Organowej i innych cykli koncertowych.
Prof. dr hab. Jan Bokszczanin prowadzi klasę organów w białostockiej filii Uniwersytetu Muzycznego Fryderyka Chopina. W latach 2016-2020 pełnił funkcję prodziekana w tejże uczelni. Jest także nauczycielem gry na organach w Państwowej Szkole Muzycznej im. Fryderyka Chopina w Sochaczewie.
W 2019 roku Minister Kultury i Dziedzictwa Narodowego przyznał mu honorową odznakę „Zasłużony dla Kultury Polskiej”, a w 2024 r.