Hubertus, wykonawcy: Jacek Smoczyński – trompe de chasse, Jan Bokszczanin – organy, wydawnictwo: Acte Prealable, AP 0116, 2004 r.
New Polish Music For Saxophone And Organ, wykonawcy: Paweł Gusnar – saksofon, Jan Bokszczanin – organy, wydawnictwo: Musica Sacra Edition, MSE 016, 2007 r.
Oblivion – Tytus Wojnowicz & Jan Bokszczanin, wydawnictwo: Pro Musicae Artis, PMA 002, 2011 r.
Rawskie Dni Muzyki Klasycznej, wykonawcy: Tytus Wojnowicz – obój, Jan Bokszczanin – organy, wydawnictwo: UM i Dom Kultury w Rawie Mazowieckiej, 2012 r.
Margarita, wykonawcy: Tytus Wojnowicz – obój, Jan Bokszczanin – organy, wydawnictwo: PMA Records 008, 2015 r.
Płyty CD zawierające nagrania Jana Bokszczanina
Marian Sawa – Organ Works – I, wydawnictwo: Acte Preable, AP 0030, 1999 r.
20 lat Conversatorium Organowego w Legnicy (2CD), wydawnictwo: DUX 0522A12296, 2005 r.
Paweł Łukaszewski – Vesperae Pro Defunctis, wydawnictwo: Musica Sacra Edition MSE 029, 2011 r.
Paweł Łukaszewski – Veni Creator. Stabat Mater.