W roku 1616 został duchownym wspólnoty braci czeskich. W roku 1627 na skutek prześladowań religijnych musiał opuścić Czechy. Jako przywódca radykalnego ruchu politycznego i religijnego zwalczany w Czechach przez Habsburgów i Kościół katolicki, schronił się w Polsce w Lesznie u Rafała Leszczyńskiego.
Między 1628 a 1656 rokiem (z przerwami na wyjazdy do Anglii, Szwecji, Siedmiogrodu i Elbląga) mieszkał w Lesznie, gdzie pracował, jednocześnie będąc profesorem leszczyńskiego gimnazjum, które dzięki niemu stało się znanym oraz chętnie wybieranym miejscem pobierania nauk przez polską i czeską młodzież. W Lesznie wydał swoje najważniejsze dzieła, m.in. podręcznik do nauki języka łacińskiego pt. Ianua linguarum reserata, tłumaczony na kilkanaście języków. Jego poglądy głosiły wiarę w dobrobyt i naprawę ludzkości poprzez rozpowszechnianie wiedzy (aby wszyscy wiedzieli wszystko o wszystkim).
W roku 1645 uczestniczył w dyspucie teologicznej Colloquium charitativum, na której reprezentował wspólnotę braci czeskich.
Jan Amos Komeński opublikował w 1649 roku dzieło Novissima linguarum methodus.