Jest również patronem Papieskiego Kościelnego Instytutu Polskiego w Rzymie (od 16.10.2012).
W klasztorze Zgromadzenia Służebnic Najświętszego Serca Jezusowego w Krakowie, w 1986 kard. Franciszek Macharski otwarł muzeum bpa Józefa Sebastiana.
Wspomnienie liturgiczne w Kościele katolickim obchodzone jest 19 stycznia.
W ikonografii przedstawiany jest w stroju biskupim.
Publikacje Życie duchowne czyli doskonałość chrześcijańska według najcelniejszych mistrzów duchownych (1873) Pius IX i jego wiek. T. 2 (1880) Kazanie o królowaniu i opiece Bogarodzicy nad narodem polskim, miane w dniu 2gim września 1877 r. przy złożeniu koron przed obrazem N. Panny w Starejwsi, jako wstępnym akcie koronacyi tegoż obrazu (1885) Życie duchowne czyli Doskonałość chrześcijańska. Tom 1 (1886) Życie duchowne czyli Doskonałość chrześcijańska. Tom 2 (1886) Konferencje apologetyczne o przyczynach niedowiarstwa w naszych czasach i o potrzebie religii miane w roku 1884 w Krakowie. Wydanie drugie przejrzane i pomnożone (1890) Rewolucya francuska wobec religii. Odczyt miany 23 lutego 1890 r.