1-2 1986 – Nagroda za muzykę do filmu Osobisty pamiętnik grzesznika przez niego samego spisany na Festiwalu Polskich Filmów Fabularnych w Gdańsku 1990 – Doktorat honoris causa University of Strathclyde w Glasgow 1993 – laureat Gramophone Award za „The Confession of Isobel Gowdie” Jamesa MacMillana (EMI) 1995 – laureat Gramophone Award za II i III Koncert fortepianowy Nikołaja Medtnera (Hyperion) 1993 – honorowy tytuł Conductor Laureate BBC Scottish Symphony Orchestra 1998 – Krzyż Komandorski Orderu Odrodzenia Polski za wybitne osiągnięcia w pracy artystycznej 2000 – tytuł Honorowego obywatela Miasta Białegostoku 2005 – Złoty Medal „Zasłużony Kulturze Gloria Artis” 2007 – Nagroda ZAiKS-u za propagowanie polskiej muzyki współczesnej 2011 – Złoty Fryderyk Polskiej Akademii Fonograficznej 2013 – Perła Honorowa Polskiej Gospodarki (w kategorii kultura), przyznawaną przez redakcję Polish Market 2017 – Doktorat honoris causa Uniwersytetu w BiałymstokuMaestro Jerzy Maksymiuk doktorem honoris causa UwB! 2017 – Nagroda Specjalna i członkostwo honorowe Stowarzyszenia Autorów ZAiKS 2019 – Medal Stulecia Odzyskanej Niepodległości 2021 – Doroczna Nagroda Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego za całokształt twórczości 2021 – Doktorat honoris causa Akademii Muzycznej w Bydgoszczy 2023 – Doktorat honoris causa Uniwersytetu