O godzinie 15:30 udał się odkrytym samochodem do salzburskiej katedry św. Ruperta. Tu pomodlił się przed Najświętszym Sakramentem i przechodząc do zakrystii, poświęcił figurę Matki Bożej Fatimskiej. Potem odprawił mszę świętą ku czci Najświętszego Serca Pana Jezusa, którą koncelebrowali kardynałowie i biskupi austriaccy, a także biskupi z Niemiec, Słowenii, Chorwacji i kapłani z archidiecezji salzburskiej. Na mszy obecni byli: prezydent Klestil, członkowie prezydium Ekumenicznej Rady Kościołów Austrii i zwierzchnicy kościołów niekatolickich. Homilia papieska poświęcona była działalności misyjnej. Po modlitwach papież przejechał samochodem na lotnisko i odleciał do Wiednia (Schwechat), gdzie po niedługim powitaniu z lokalnymi władzami udał się do siedziby wiedeńskiej nuncjatury apostolskiej, w której zamieszkał na czas swojej wizytyKronika podróży, w: L’Osservatore Romano, nr 10(206)/1998, s. 21–22..
20 czerwca 1998 10:00 – spotkanie z prezydentem Austrii, przedstawicielami władz państwowych, korpusem dyplomatycznym i przedstawicielami organizacji międzynarodowych. 12:00 – powrót do nuncjatury apostolskiej i modlitwa Anioł Pański. 13:00 – przejazd do Sankt Pölten – nawiedzenie romańskiej katedry i modlitwa przed Najświętszym Sakramentem.