Największe sukcesy drużyny piłkarskiej W czasie II wojny światowej działalność klubu została zawieszona. W 1945 drużyna piłkarska przystąpiła do rozgrywek podokręgu chrzanowskiego, które wygrała. W trzecim sezonie gry w krakowskiej klasie A – 1948 – KS Chełmek zdobył jej mistrzostwo. Tym samym zespół otrzymał prawo gry w I fazie turnieju kwalifikacyjnego do rozgrywek centralnych. W swojej grupie zajął 2. miejsce (za Skrą Częstochowa) i uzyskał miejsce w nowo utworzonej II lidze, gdzie grał kolejno w grupach: południowej, wschodniej, IV i D.
+ Chełmek na drugim poziomie ligowym Sezon Miejsce Punkty Bilansbramek 1949 6 (gr. wschodnia) 15 –14 1950 6 (gr. południowa) 15 –11 1951 7 (gr. IV) 10 –15 1952 5 (gr. D) 15px 18 –8 1957 11 (gr. południowa) 15px 19 –17 W tym okresie doszło do dwukrotnej zmiany nazwy klubu – w 1950 na Związkowiec Chełmek i w 1951 na Włókniarz Chełmek. W pierwszych dwóch sezonach występów na drugim szczeblu rozgrywkowym – 1949 i 1950 – Chełmek zajął 6. miejsce, w 1951 – 7. miejsce. Najwyższe, 5. miejsce w II lidze Włókniarz wywalczył w sezonie 1952, musiał jednak zmierzyć się w dwumeczu barażowym o utrzymanie z mistrzem okręgu krakowskiego – Unią Borek.