Brak różnorodności gatunkowej czyni drzewa bardziej narażonymi na choroby, czego przykładem była utrata 1 miliarda topoli w 2000 roku, co zniszczyło 20-letnie wysiłki sadzenia drzew.
Powiązania z efektem cieplarnianym Chińscy naukowcy twierdzą, że monokulturowe plantacje leśne bardziej efektywnie absorbują dwutlenek węgla, przyczyniając się do zmniejszenia efektu cieplarnianego, niż długo rosnące, naturalne lasy. Mimo że różnorodność jest mniejsza, drzewa mają rzekomo ograniczać emisję gazów cieplarnianych Chin.
Krytyka Powszechnie podawana w wątpliwość jest teza, że Zielony Mur jest właściwym rozwiązaniem dla problemu pustynnienia Chin. Gao Yuchuan, szef Wydziału Leśnego powiatu Jingbian w prowincji Shanxi, stwierdził, że "uprawy przez 10 lat nie są tak dobre jak roczne odłogowanie terenu", nawiązując do alternatywnej, nieinwazyjnej metody rekultywacyjnej, która polega na dwuletnim wyłączeniu zdegradowanej powierzchni z upraw, pozwalając w ten sposób gruntom na samodzielną regenerację. Jiang Gaoming, ekolog z Chińskiej Akademii Nauk i orędownik odłogowania terenów, powiedział, że "sadzenie drzew na jałowych i pół-jałowych terenach narusza zasady ekologii". Istnieje obawa, że uboga gleba nie jest w stanie wspierać masowego, wymuszonego wzrostu roślinności.