Organy wykonawcze Kościoła na wszystkich poziomach złożone są z konwentu, najwyższego organu zboru, prezbiterstwa i prezydentury. Legislacyjnym i najwyższym administracyjnym organem słowackich ewangelików pozostaje Synod. Według konstytucji Kościoła ewangelickiego przedstawiciele wszystkich organów wybierani są raz na sześć lat, a księży zbór wybiera co 10 lat.
Diakonia ewangelicka Diakonia na poziomie zborów uformowała się już pod koniec XIX wieku. W Bratysławie, na Palisadach początkiem XX wieku powstało największe centrum instytucjonalne pod nazwą Szpital Ewangelicki (szpital, dom dziecka, dom starców, dom diakonis i diakonów). W okresie panowania komunizmu, w 1951 roku centrum zostało rozwiązane, wszyscy jego mieszkańcy usunięci, a majątek odebrany Kościołowi bez odszkodowania. W części szpitalnej mogły pracować jako pielęgniarki tylko te diakonisy, które wyrzekły się wiary. Stare i schorowane diakonisy zostały umieszczone w zrujnowanym domu starców przy ulicy Józefińskiej w Bratysławie, gdzie umierały w następstwie chorób, niedożywienia i zimna. Tu jako ostatni duchowny administrator instytucji diakonijnej, szpitalu, domu starców i sierocińca od 1947 roku mieszkał ksiądz Ondrej Bartko z małżonką Anną i dziećmi, który pracował w bratysławskiej parafii i senioracie aż do początku lat 90. XX wieku.