Autorem projektu kościoła był Zenon Stępniowski (Poznań), konstruktorami Eugeniusz Komorowski i Janusz Fliger. 18 grudnia 1977 ustawiono krzyż na placu budowy, a 1 października 1978 przystąpiono do prac budowlanych. Kamień węgielny wmurował abp Jerzy Stroba 8 czerwca 1980. Został on powzięty z katedry poznańskiej i z grobu św. Filipa Neri w Rzymie. 11 maja 1980 na stałe otwarto dolny kościół. 28 maja 1982 ukończono wieżę. 1 kwietnia 1984 Ośrodek Duszpasterski stał się parafią, której pierwszym proboszczem był ks. Kazimierz Wasela. Od 2 czerwca 1985 nabożeństwa zaczęto stale odprawiać w kościele górnym.
W 1995 rozebrano starą kaplicę cmentarną na ul. Samotnej, stanowiącej kolebkę parafii. Powodem były liczne dewastacje i profanacje obiektu, stojącego na opuszczonym cmentarzu.
9 września 1999 introdukowano przy kościele Kongregację Oratorium Świętego Filipa Neri.