Sytuacja zmieniła się w latach 90., po uzyskaniu autonomii. W roku 1999 weszło w życie prawo „O językach narodów Republiki Baszkortostan”. Ustanowiło ono rosyjski i baszkirski państwowymi językami Baszkortostanu, tym samym baszkirski zyskał status języka urzędowego. Przy Radzie Ministrów Republiki Baszkortostan ustanowiono specjalną komisję, która miała się zajmować realizacją prawa do używania baszkirskiego w życiu codziennym, a przy Prezydium Najwyższej Rady Republiki Baszkortostan komisję terminologiczną, mającą uporządkować baszkirską leksykografię.
Zapis
Początki baszkirskiego języka literackiego należy odnosić do przełomu XIX i XX wieku. Początkowo do zapisu języka baszkirskiego stosowano zmodyfikowany alfabet arabski. W 1930 roku podjęto próbę stworzenia piśmiennictwa w oparciu o łacinkę, jednak ze względów politycznych prace nad tym projektem nie były kontynuowane i od 1938 roku baszkirski zapisywany jest cyrylicą. Po upadku Związku Radzieckiego wielokrotnie podnoszono konieczność wprowadzenia alfabetu łacińskiego, wzorowanego na tureckim, jednak mocą decyzji parlamentu federalnego prace nad tym przerwano.