Budowa wewnętrzna Każdy orzęsek obdarzony jest dwoma jądrami: mikronukleusem (Min) i makronukleusem (Man). Mikronukleus jest jądrem diploidalnym, zwykle kulistym. Jest odpowiednikiem jądra komórkowego innych eukariontów. Zawiera całość informacji genetycznej komórki, nie zachodzi w nim jednak transkrypcja. Makronukleus zawiera w sobie wiele kopii niektórych genów komórki i jest transkrypcyjnie czynny. Zawiera w sobie 60–1500 razy więcej materiału genetycznego niż mikronukleus.
Rozmnażanie
Orzęski rozmnażają się wyłącznie bezpłciowo, przez poprzeczny podział komórkowy. Podczas podziału mikronukleus ulega mitozie, a makronukleus przewęża się i jest dzielony pomiędzy komórki potomne, mniej więcej po połowie. Ich odrębność od innych protistów polega na tym że one jako jedyne przeprowadzają proces koniugacji z udziałem aparatu jądrowego.
U orzęsków występuje proces wymiany materiału genetycznego, zwany koniugacją, przy czym brak podziału organizmów na męskie i żeńskie. Przebieg koniugacji orzęsków: