W 1950 roku przeszedł do Urzędu Morskiego w Gdyni, gdzie zatrudniono go na stanowisku szefa Oddziału Inspekcji, a ponadto był dyrektorem Państwowej Szkoły Rybaków Morskich.
W sierpniu 1952 roku został aresztowany przez UB pod zarzutem udziału w antypaństwowej organizacji WiN i szpiegostwa. Skazany został na karę śmierci, co zamieniono na 10 lat, a następnie na 5 lat więzienia. Na wolność wyszedł w grudniu 1956 roku.
Wrócił do pracy na morzu jako kapitan w PLO i Chipolbroku. Po 1965 roku, kiedy to przeszedł na emeryturę, pływał jeszcze na chłodniowcu „Stella Nova” należącym do Wincentego Bartosiaka.
Przełożył na język polski międzynarodowy kod sygnałowy, przygotowany przez Podkomisję Międzynarodowego Kodu Sygnałowego przy Międzyrządowej Morskiej Organizacji Doradczej w Londynie w 1965 r. (wydany przez Wydawnictwo Morskie w 1969 r.; współautor tłumaczenia Zdzisław Teisseyre). Autor wielu publikacji marynistycznych.
Był bratem kpt. ż.w. Bronisława Gubały.
Pochowany został na cmentarzu Witomińskim w Gdyni (kwatera 20-28-2)Wyszukiwarka cmentarna – Cmentarze Komunalne w Gdyni.. mały|Grób Edwarda Gubały na cmentarzu Witomińskim