Przez dwa miesiące Hererowie wegetowali na pustyni Omaheke. Niemieckie wojsko blokowało im dostęp do źródeł wody i zabijało każdego, kto usiłował się do nich zbliżyć. Tysiące Herero zginęły na skutek głodu i pragnienia. Pod wpływem protestów niemieckiej i międzynarodowej opinii publicznej cesarz Wilhelm II rozkazał przerwanie akcji pacyfikacyjnej. Wbrew dyrektywom z Berlina Trotha kontynuował jednak politykę represji. Pozostali przy życiu członkowie plemienia Herero zostali umieszczeni w obozach koncentracyjnych, gdzie oznakowano ich literami GH (niem. Gefangene Herero). Byli zmuszani do katorżniczej pracy przy budowie linii kolejowej z Zatoki Lüderitza do Keetmanshoop, a niemieccy koloniści dokonywali na nich licznych mordów i gwałtów. Przede wszystkim zabijano niezdolnych do pracy Herero, których zakłuwano bagnetami, aby zaoszczędzić amunicję. Duża część jeńców, którzy nie mogli pracować, została umieszczona na tzw. Shark Island w pobliżu miasta LüderitzMichael Williams, „Hitler’s Holocaust blueprint: A new book reveals how the Kaiser’s Germany used concentration camps in Africa to advance their theories of racial supremacy”, Daily Mail 2010-09-23., gdzie znajdował się jeden z pierwszych na świecie obozów śmierci. W obozie tym zmarło ok.