Miejscowa ludność autochtoniczna, obejmująca głównie ludy Herero (80 tys. osób), Owambo (60 tys.) i Nama (10 tys.), określana była mianem Hotentotów. W latach 1893–1894 doszło do pierwszego „powstania Hotentotów” ludu Nama, na którego czele stał Hendrik Witbooi. W kolejnych latach dochodziło do kolejnych lokalnych powstań przeciwko kolonizatorom, ich kulminacją było tzw. powstanie Herero w 1904. Herero atakowali niemieckie gospodarstwa, zabijając około 150 osadników. Przy słabych jeszcze siłach niemieckich Herero udało się nawet otoczyć miasta Okahandja i Windhoek. Dodatkowe siły przybyłe z Niemiec rozgromiły powstańców w bitwie pod Waterbergiem. Herero musieli wycofać się na Kalahari, gdzie wielu z nich umarło z pragnienia. Ponadto niemieckie patrole strzegły źródeł wody, strzelając do zbliżających się tubylców. Zaledwie części z nich udało się zbiec do sąsiednich terytoriów brytyjskich. Jesienią 1904 doszło do kolejnego powstania ludu Nama pod wodzą Hendrika Witbooi i , które zostało stłumione w latach 1907–1908.