w tym okresie zamknięto obydwa monastery oraz ok. 100 cerkwi. Do 1988 w regionie nie zarejestrowano żadnej nowej parafii. Sytuacja ta zmieniła się po obchodach tysiąclecia chrztu Rusi, które stały się momentem zmiany kursu państwa wobec Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego. W eparchii czerniowieckiej otwarto szereg nowych parafii.
Od 1990 obok eparchii czerniowieckiej na Bukowinie działał niekanoniczny Ukraiński Autokefaliczny Kościół Prawosławny, który w 1992 posiadał w regionie dziesięć parafii. Od wymienionego roku w obwodzie czerniowieckim swoje struktury zaczął tworzyć, z poparciem władz państwowych, również Ukraiński Kościół Prawosławny Patriarchatu Kijowskiego, którego przedstawiciele siłowo odebrali część świątyń eparchii, tworząc ok. 50 parafii.
W 2012 eparchia czerniowiecka zmieniła nazwę na czerniowiecko-bukowińskaВ Киеве состоялось очередное заседание Священного Синода Украинской Православной Церкви.
W ramach eparchii działają następujące klasztoryWykaz monasterów: Monaster Wniebowstąpienia Pańskiego w Banczenach, męski Monaster św. Włodzimierza w Kolinkowcach, męski Monaster św. Jana Teologa w Chreszczatyku, męski Monaster św. Mikołaja w Neporotowie, męski Monaster Narodzenia Matki Bożej „Horecza” w Czerniowcach, męskiZobacz art.