Podczas ekshumacji przy niektórych ciałach znajdowano nawet karteczki ze słowami „rozstrzelany w Palmirach”, napisane przez ofiary na krótko przed egzekucją.
Na miejscu straceń więźniom odbierano bagaż, lecz zazwyczaj nie pozbawiano ich dokumentów lub osobistych drobiazgów, które posiadali przy sobie. Żydom pozwalano zatrzymać opaski z Gwiazdą Dawida, a pracownikom sanitariatu – opaski Czerwonego Krzyża. Czasami ofiary krępowano lub zawiązywano im oczy. Skazańców prowadzono następnie na skraj grobów i tam rozstrzeliwano ogniem broni maszynowej w ten sposób, że ciała wpadały bezładnie do mogił. Dających oznaki życia dobijano strzałami z broni krótkiej. Zdarzały się również wypadki grzebania rannych żywcem. Czasami Niemcy ustawiali skazańców nad skrajem grobu, każąc im trzymać za plecami długi drąg lub drabinę. Następnie po oddaniu salwy opuszczano tego typu podpórkę, pozwalając ciałom spaść do grobu i ułożyć się w równą warstwę. Egzekucje w Palmirach były przeprowadzane przez żołnierzy kwaterującego w Warszawie 1. pułku kawalerii SS (1.