W miarę rozwoju wydarzeń, Aeris dowiaduje się coraz więcej o swej tajemniczej misji, zaczyna sobie zdawać sprawę, że być może to ona jest jedyną osobą mogącą ocalić zagrożoną planetę. Gdy drużyna dowiaduje się, że Sephiroth szuka świątyni starożytnych, Aeris również bardzo chce się tam udać. Na miejscu drużyna dowiaduje się o zamiarach Sephirota i skutecznie przeszkadza mu w znalezieniu poszukiwanej przez niego Czarnej Materii.
Gdy Cloud się budzi dowiaduje się o zniknięciu Aeris, z wskazówek ze swojego snu dowiaduje się dokąd poszła i rusza za nią. W końcu dociera do Zapomnianej Stolicy, dawnego miasta starożytnych. Znajduje Aeris w samym centrum miasta w budynku będącym czymś w rodzaju starożytnej kaplicy, zastaje modlącą się Aeris, gdy do niej podchodzi znów zaczyna tracić zmysły, jednak tym razem jego wola jest silniejsza. Następna scena jest zaskoczeniem. Z góry zeskakuje Sephiroth i przebija swym mieczem modlącą się Aeris zabijając ją, a następnie z bezczelnym uśmiechem spoglądając na Clouda. Sephirioth znika, pozostawiając drużynę z martwą Aeris.