Dzieła W pracy naukowej zajmował się historią muzyki nowożytnej, historią polskiej muzyki renesansowej, biografistyką. Był autorem kilku syntetycznych opracowań historii muzyki i kultury muzycznej w Polsce od średniowiecza do XX wieku (Rozwój kultury muzycznej w Polsce, 1914; Historia muzyki polskiej, 1920; Muzyka polska, 1929–1932, 3 części, w: Polska, jej dzieje i kultura; Muzyka polska w rozwoju historycznym. Od czasów najdawniejszych do doby obecnej, 1948–1951, 2 części). Zajmował się twórczością operową XIX i XX wieku. Badał życie i twórczość Chopina, wydał zbiór jego korespondencji z obszernym wstępem i objaśnieniami (1949). Jako jeden z pierwszych zajmował się dorobkiem i życiem Bartłomieja Pękiela i Władysława Żeleńskiego, napisał pierwszą monografię twórczości Szymanowskiego (Karol Szymanowski. Rys dotychczasowej twórczości, 1927). Badał również pieśni Moniuszki.
thumb|Tablica pamiątkowa na fasadzie kamienicy przy ul. Grodzkiej 47 w Krakowie, w której mieszkał prof. Zdzisław Jachimecki
Był encyklopedystą. Został wymieniony w gronie 180 edytorów pięciotomowej Ilustrowanej encyklopedii Trzaski, Everta i Michalskiego wydanej w latach 1926–1928 gdzie zredagował hasła związane z historią polskiej muzyki. Z innych prac naukowych Jachimeckiego można wymienić: