Ekologia lewo|mały|Ocelot nadrzewny w Rio Grande do Sul, Brazylia Siedliskiem margaja jest las. Jest on bardziej z lasem związany niż jakikolwiek inny kotowaty kontynentu południowoamerykańskiego, zamieszkiwanego przez liczne inne gatunki, choćby ocelota wielkiego, pumę płową, jaguarundi czy wielkiego jaguara. Na północnym krańcu swego występowania, w Meksyku, zasiedla lasy przybrzeżne, tropikalne lasy liściaste, a także lasy wiecznie zielone, galeriowe. Badania z radioodbiornikami z Belize wykazały, że zwierzęta wybierały lasy wtórne. Z kolei w Wenezueli autorzy wspominają o nizinnych i wilgotnych lasach tropikalnych, wilgotnych lasach porastających pogórza, lasach mglistych, a nawet antropogenicznych plantacjach zakładanych celem pozyskania kawy czy kakao, zwłaszcza opuszczonych. Sanquist i Sanquist wspominają dalej kępy kserofitów w boliwijskim chaco, z Brazylii z kolei wymieniają zmodyfikowane przez człowieka obszary porosłe bambusem i plantacje palmy. Niemniej widuje się te ssaki także poza lasem, nie tylko w kępach drzew wśród sawanny, ale i na terenach otwartych. Wydaje się, że do obecności człowieka w pobliżu dostosowuje się ocelot nadrzewny słabo.