Rodzina mały|Pomalowana rzeźba Nebhepetre Mentuhotepa II w Muzeum Egipskie w Kairze Mentuhotep II był synem Intefa III i jego żony Jah, która możliwie była jego siostrą. Informacja o tym pochodzi ze steli Henenu (Cairo 36346), urzędnika za czasów Intefa II, Intefa III i syna tego ostatniego, czym imieniem horusowym jest s-ankh-[ib-t3wy], identyczne imieniu horusowemu Mentuhotepa II, znenego z innych źródeł. Jah jest tam nazwana mwt-nswt, czyli "Matką Króla".
Niektórzy badaczy (Wildung, Lobban) twierdzą, że Mentuhotep II mógł mieć nubijskie pochodzenie, dlatego, że jego ikonografia przedstawia jego z rysami twarzy Nubijczyka.
Mentuhotep miał kilku żon, które zostały pochowane w jego grobowcu albo blisko niegoDodson, Aidan Marc; Hilton, Dyan (February 2010) [September 2004]. The complete royal families of ancient Egypt. London, UK: Thames and Hudson.: