Czechosłowacy sabotowali pomysł utworzenia silnego frontu państw Europy Środkowej stanowiącego przeciwwagę dla aliantów zachodnich. Benešowi zależało przede wszystkim na porozumieniu z ZSRR, w którym upatrywał lidera dla obszaru Europy Środkowej i Wschodniej. W 1943 roku sygnował w Moskwie układ o wzajemnej pomocy i współpracy, który wobec napiętych relacji między Polską a ZSRR ostatecznie przekreślił plany porozumienia na linii Warszawa–Praga.
Trzecia Republika Czechosłowacka Po zakończeniu wojny, w 1945 powrócił do Pragi i został zatwierdzony na zajmowanym dotychczas stanowisku przez Zgromadzenie Narodowe. 19 czerwca 1946 został ponownie wybrany na stanowisko prezydenta Republiki. Na mocy jego dekretów pozbawiono obywatelstwa i mienia Niemców oraz Węgrów wysiedlanych z Czechosłowacji. Po zamachu stanu w lutym 1948 zaakceptował nowy skład rządu, przedstawiony przez Klementa Gottwalda. W maju 1948 nie podpisał nowej konstytucji, 7 czerwca zaś złożył urząd i wycofał z życia publicznego.