Wydany, po ataku na amerykańską flotę, rozkaz rozpoczęcia nieograniczonej wojny podwodnej oznaczał, że każda jednostka – wojenna bądź transportowa – płynąca pod banderą Japonii powinna zostać zaatakowana. W tym samym dniu rozpoczęły działania również japońskie okręty podwodne, prowadząc wsparcie operacji morsko-powietrznego, japońskiego zespołu uderzeniowego z pomocą małych okrętów podwodnych typu Ko-hyoteki, które z usiłowały wpłynąć do wnętrza bazy, aby spod wody zaatakować amerykańskie okręty. Operacja ta zakończyła się całkowitym niepowodzeniem.
Zgodnie z przedwojennymi planami, amerykańskie okręty podwodne miały przede wszystkim być wykorzystywane do rozpoznawania ciężkich okrętów floty przeciwnika i paraliżowania jej działań atakami torpedowymi. W związku jednak z osadzeniem większości ciężkich okrętów amerykańskiej floty na płytkim dnie Pearl Harbor, rola amerykańskich okrętów podwodnych uległa zmianie.