We wrześniu 2006 r. bydgoski oddział Polskiego Towarzystwa Ekonomicznego podjął kroki w celu likwidacji uczelni ze względów finansowych. Po tym jak niepowodzeniem zakończyły się negocjacje z Wyższą Szkołą Bankową w Toruniu, większość studentów została przejęta przez Wyższą Szkołę Gospodarki w Bydgoszczyhttp://www.pomorska.pl/apps/pbcs.dll/article?AID=/20090728/BYDGOSZCZ01/975613478 dostęp 4-07-2011. 14 lipca 2008 r. uczelnia została wykreślona z rejestru uczelni niepublicznychhttps://polon.nauka.gov.pl/opi/aa/run?execution=e2s16 Informacje o szkole w rejstrze uczelni wyższych.
Od 2007 r. Polskie Towarzystwo Ekonomiczne w Bydgoszczy umożliwia uzyskanie dyplomu studiów podyplomowych organizowanych przy współpracy z Uniwersytetem Ekonomicznym w Poznaniu (ośrodek studiów w Bydgoszczy) oraz Wyższą Szkołą Gospodarki.
Baza dydaktyczna Uczelnia rozpoczęła swoją działalność w 1999 r. w pomieszczeniach udostępnianych jej przez PTE oraz wynajmowanych w różnych obiektach. W 2002 r. nabyła budynek przy ul.