W marcu 1983 został powołany przez Sejm na stanowisko prezesa Najwyższej Izby Kontroli. Na stanowisku tym zastąpił Mieczysława Moczara. Próba odwołania Hupałowskiego ze stanowiska prezesa NIK w listopadzie 1988, na wniosek Biura Politycznego Komitetu Centralnego PZPR, spotkała się ze sprzeciwem Sejmu (wniosek nie uzyskał wymaganej większości), co było ewenementem w historii PRL. Stanowisko prezesa Najwyższej Izby Kontroli utrzymał aż do lutego 1991, gdyż Sejm nie był w stanie wybrać jego następcy. Rozkazem personalnym MON z 3 czerwca 1991 został zwolniony z zawodowej służby wojskowej z powodu osiągnięcia ustawowej granicy wieku i 10 lipca 1991 przeniesiony w stan spoczynku. W stanie spoczynku działał w Klubie Generałów WP.

Awanse W trakcie wieloletniej służby w ludowym Wojsku Polskim otrzymywał awanse na kolejne stopnie wojskoweJ. Królikowski, Generałowie i admirałowie Wojska Polskiego 1943–1990 t. I: A–H, Toruń 2010, s. 544–547: podporucznik – 1945 porucznik – 1946 kapitan – 1948 major – 1952 podpułkownik – 1955 pułkownik – 1958 generał brygady – 1963 generał dywizji – 1972