Podłoże i przyczyny W połowie lat 30. XVII wieku niezadowoleni z wysokich podatków i cierpiący z powodu głodu chłopi z półwyspu Shimabara i wysp Amakusa zbuntowali się przeciwko swoim panom feudalnym. Największe rozruchy miały miejsce w lennie Shimabara należącym do Katsuie Matsukury i lennie Karatsu należącym do Katataki Terasawy (także: Terazawy). W niektórych źródłach powstanie jest określane jako "chłopskie", co jest jednak nie do końca precyzyjne, gdyż do buntu przyłączyli się również głodujący rybacy, rzemieślnicy i kupcy oraz wyznający chrześcijaństwo, bezpańscy samurajowie, zwani rōninami, służący niegdyś rodom takim jak Amakusa czy Shiki, które zamieszkiwały dawniej w tym regionie, ale będący także dawnymi wasalami rodów Arima i Konishi.
Shimabara była lennem należącym do chrześcijańskiego rodu Arima; w rezultacie wielu mieszkańców przyjęło religię chrześcijańską. Ród Arima został wysiedlony z Shimabary w 1614 roku i zastąpiony przez ród Matsukura. Nowy pan, Shigemasa Matsukura, liczył na wzmocnienie swojej pozycji, więc chcąc przypodobać się siogunatowi angażował się w różne projekty budowlane, w tym budowę i rozbudowę zamku Edo, a także planował inwazję na wyspę Luzon.