Część źródeł podaje, że liczba powstańców mogła wynosić od 27 do 37 tys.
Skutki Po upadku zamku Hara wojska siogunatu ścięły wszystkich powstańców i sympatyków powstania; głowę Shirō Amakusy zabrano do Nagasaki, gdzie wystawiono ją na pokaz. Cały kompleks zamkowy doszczętnie spalono i zakopano razem z ciałami.
Katsuie Matsukura popełnił samobójstwo, a jego posiadłości zostały przekazane Tadafusie Kōrikiemu. Członkom klanu Terasawa udało się przeżyć, jednak dziesięć lat później klan wyginął, ponieważ Katataka Terasawa zmarł bezpotomnie.
Siogunat podejrzewał, że katolicy z Zachodu byli zaangażowani w szerzenie buntu i wyrzucił Portugalczyków z Japonii zabraniając im powrotu. Kolejnym posunięciem siogunatu było zwolnienie klanów, które dostarczyły wsparcia militarnego, z obowiązku opłacenia wkładu budowlanego. Od 1639 roku zaczęto bardziej restrykcyjnie stosować politykę izolacji Japonii. Już istniejący zakaz chrześcijańskich obrzędów zaczął być rygorystycznie egzekwowany, a chrześcijanie w Japonii zostali zmuszeni do zejścia do podziemia.